针对我国水产养殖重大病害问题，开展水生动物疫病流行性病学、病原生物学与分子生物学、组织病理学、致病机理、疫病诊断与病原检测技术、水产新技术疫苗研制与免疫预防技术、定向抗病分子育种技术研究，开展鱼类细胞培养物与水产病原生物等基础实验材料收集保藏与应用工作，建立新型水产药物创制与安全使用技术开发平台，开展健康养殖技术、生态预防与综合预防技术研究，建立水产养殖病害预警预报、水生动物健康管理、疫病检验检疫与公共卫生安全评价体系。