中国水产科学研究院长江水产研究所是我国最早建设的水产科学重点研究机构之一，隶属于农业农村部。前身为“中华人民共和国水产部长江水产研究所”，1958年在江苏省南京市成立，1965年迁至湖北省沙市市（现荆州市），2011年迁至湖北省武汉市。由于隶属关系和机构组成的变化，先后更名为“湖北省长江水产研究所”“国家水产总局长江水产研究所”“国家水产总局长江水产研究所沙市分所”“中国水产科学研究院长江水产研究所沙市分所”，1984年定为现名。

　　截至2023年底，长江所在职在编职工166人，其中具有高级专业技术职称职工65人、硕博士学历职工125人；在职编外职工109人，在所研究生102人。现有国务院政府特殊津贴享受者11人、湖北省人民政府特殊津贴享受者4人，农业农村部农业科研杰出人才2人及团队2个，国家现代农业产业技术体系岗位科学家5人，农业农村部神农青年英才2人，湖北省新世纪高层次人才工程二层次以上人选2人，湖北省自然科学基金杰出青年项目获得者1人，青海省“高端创新人才千人计划”拔尖人才1人，中国水科院科技创新团队8个、中青年拔尖人才1人、杰出青年人才1人、百名科技英才19人、水科英才32人，3551光谷人才计划优秀青年英才1人。有博士生导师7人、硕士生导师41人。设有博士后工作站，先后进站博士后11人。

　　长江所始终立足长江中上游流域，坚持产业导向，围绕我国淡水渔业发展中基础性、方向性、全局性、关键性的重大科技问题，重点开展渔业资源保护与利用、水生生物多样性保护、水产养殖育种、水产病害防治、水产营养与饲料、水产品质量安全与品质评价等领域的科学研究和技术研发，为政府决策及现代渔业高质量发展提供了技术支撑。建所以来，长江所承担各类科研项目2900余项，获得各类科研成果221项，其中国家级奖励10项、省部级奖励107项、地市级奖励11项、中国水产科学研究院奖励83项、其他奖励10项。培育了“颖鲤”“长丰鲢”“长丰鲫”中华鳖“长淮1号”等8个国家审定水产新品种。发表学术论文3500余篇，出版著作110本，起草并经相关部门发布标准205项，授权专利481项。获全国科学大会奖的“鲤鱼杂交一代优势利用的研究”、获国家科技进步奖的“草鱼出血病防治技术研究”和“中华鲟物种保护技术研究”、获湖北省科技进步奖的“淡水重要鱼类资源增殖技术与应用”“珍稀鱼类繁育与物种保护技术体系及示范”“稻田小龙虾绿色高效养殖和质量安全控制关键技术与应用”“三峡生态渔业开发技术研究”“草鱼营养需要量研究与高效环保饲料开发”“斑点叉尾鮰安全生产关键技术”，以及选育新品种“长丰鲢”“长丰鲫”和中华鳖“长淮1号”，通过专家组现场验收的“黄鳝规模化全人工繁育”等成果的推广和应用都产生了显著的经济效益和社会效益。

　　60多年来，长江所规模从小到大，不断发展，构建了武汉研究中心、荆州基地、重庆基地、梁子湖基地等一所多翼的发展新格局。依托长江所建设有农业农村部淡水生物多样性保护重点实验室、农业农村部淡水鱼类种质检验测试中心、国家农业科学渔业资源环境武汉观测实验站、国家农业科学渔业资源环境重庆观测实验站、农业农村部长江中上游渔业资源环境科学观测实验站、农业农村部水产品质量安全风险评估实验室（武汉）、湖北省水产品质量安全工程技术研究中心、中国水产科学研究院长江流域水生动物繁育与利用重点实验室、中国水产科学研究院湖库生态渔业工程技术研究中心等15个省（部）级、院级重点实验室、工程中心、野外站台。拥有国内外先进的大型仪器设备60余台（套），总资产6400余万元。

　　与美国、日本、捷克、新加坡等30多个国家的科研和教学机构建立了合作关系。与捷克高校联合共建“中捷鱼类保护与生物技术联合实验室”，并在濒危鱼类保护技术研发方面取得了突破性进展。先后执行5期古巴淡水养鱼技术援助项目等，为古巴、孟加拉等10多个国家提供了技术援助。

　　新的征程上，长江所将继续坚持“四个面向”，聚焦渔业科技创新主责主业，以建设长江流域及中西部地区现代渔业的前沿创新高地、核心技术发源地和成果转化应用基地为新时期奋斗目标，努力为服务“长江大保护”与乡村振兴战略、推动我国现代渔业绿色高质量发展贡献新力量。