实验室的发展目标是: 立足我国内陆水域，侧重长江流域，通过强化实验室科研基础条件建设和高水平科研项目带动，加强淡水生物多样性保护基础和应用基础研究，创新和引入新方法与新技术，改造传统学科，推进学科间的交叉、渗透与融合，培养锻炼创新型科研骨干人才，不断提高实验室的整体学术水平和综合实力，在淡水生物多样性保护研究方面达到国内领先水平，部分领域达到国际先进或领先水平，形成“科学研究、技术支撑、成果转化、人才培养”全面发展的良好格局，将实验室建设成为我国淡水生物多样性研究与保护的国家级平台。

　　实验室的主要任务是围绕淡水生物多样性可持续性问题，在生态系统、群体、个体、细胞和分子层面，研究淡水生物生物多样性结构与功能及其变化或退化成因，整合传统水产学技术，开发有关新技术或综合技术，包括生态修复、种群增殖、濒危物种保护与拯救、种质资源挖掘与利用、人工和天然水体可持续利用等技术，服务于我国淡水渔业可持续发展和经济建设。

　　实验室科学研究方向主要包括：1.淡水生物多样性调查与评价；2.淡水生物多样性保护与保存；3.淡水生物多样性可持续性渔业新技术。根据研究方向和内容设9个研究单元：珍稀濒危水生动物多样性保护、水产种质资源保存与遗传育种、淡水渔业资源管理与可持续性、渔业环境保护与水安全、水产养殖动物病害与防治技术、水产养殖动物营养与饲料、水产养殖动物基础生物学与养殖技术、池塘生态修复与工程技术、淡水多样性保护标准与规范。