中国水产科学研究院鲢鳝遗传育种创新团队在细鳞斜颌鲴种质资源鉴定与挖掘方面取得新进展，首次发布染色体水平的细鳞斜颌鲴参考基因组。近日，相关研究成果以《Chromosome-level genome assembly of Plagiognathops microlepis based on PacBio HiFi and Hi-C sequencing》为题，在国际期刊Scientific Data（Q1，IF=5.8）在线发表。吴怡迪助理研究员为论文第一作者，梁宏伟研究员为通讯作者。

细鳞斜颌鲴（Plagiognathhops microlepis）属鲤科、鲴亚科，是一种中小型鱼类，广泛分布在我国的淡水生态系统中。其以腐殖质、有机碎屑和藻类为食，常被用来净化水质和控制蓝藻水华，在淡水生态系统中发挥着重要作用。由于具有味道鲜美、生长快、病害少等优点，近年来细鳞斜颌鲴被开发为重要的养殖对象，有着广阔的发展前景。然而由于基因组资源的缺乏，细鳞斜颌鲴的系统发育、适应性进化策略，以及优良性状形成的遗传基础研究还十分匮乏，制约了其充分利用。

用于基因组测序的细鳞斜颌鲴的形态特征

研究团队通过整合Pacbio CCS、Hi-C和Illumina测序技术，对细鳞斜颌鲴基因组进行了组装，首次获得了一个高质量的染色体水平细鳞斜颌鲴参考基因组。该基因组的大小为1004.34 Mb，contig N50为38.80 Mb，其中99.59%的序列被挂载到24条染色体上，并且有19条染色体中没有gap。该基因组注释到578.91 Mb的重复序列，以及28337个蛋白质编码基因。质量评估显示，该基因的BUSCO评估值为97.6%，二代数据比对率达99.88%，碱基的质量值（Qv）为48.11，并且挂载后的染色体基因组与近缘种鲢、团头鲂展示出良好的共线性，显示出该基因组较高的完整性、一致度和挂载准确度。

细鳞斜颌鲴染色体水平基因组特征

研究团队基于高质量测序数据，进而拆分获得了两套大小分别为997.68Mb（Haploid A）和995.23Mb（Haploid B）单倍型基因组，以及一个大小为16.61Kb的环状线粒体基因组。两套单倍型基因组间显示出良好的共线性，contig N50分别为36.21Mb和33.97Mb，挂载到的48条染色体中有24条没有gap。该研究成果为细鳞斜颌鲴的种质资源鉴定评价、适应性策略和优良性状的遗传基础等提供了高质量的参考基因组，也为深入解析鲤科鱼类的系统发育和进化历史提供了支撑。

细鳞斜颌鲴两套单倍型基因组及线粒体基因组特征

该研究获得中国水产科学研究院基本科研业务费（2023TD36）、国家现代农业产业技术体系（CARS-45）和国家淡水水产种质资源库（FGRC18537）项目的资助。研究论文全文下载地址为：https://doi.org/10.1038/s41597-024-03645-x。