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长江所在中华鲟性腺转录组方面研究取得新进展

作者:来源:办公室 发布日期:2015-06-10 00:00字体大小:【】【】【

  日前,中国水产科学研究院长江水产研究所鱼类生殖细胞发育研究团队在中华鲟性腺转录组方面的研究取得新进展。研究团队首次采用Illumina高通量测序技术对中华鲟的精巢和卵巢组织进行了转录组测序、组装及分析,获得了一批重要的基因资源,为野生中华鲟的遗传多样性评价、人工群体的家系管理及鲟鱼早期配子发生机制等研究提供了基础。

  该研究通过对3龄中华鲟的精巢和卵巢组织分别建库测序、Trinity软件组装,总共获得86,027个 unigenes。随后,对这些unigenes进行了Nr、 Swiss-prot、 GO (gene ontology)、COG (clusters of orthologous groups) 以及KEGG信号通路(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes Pathway )注释分析。另外,还对所获得的unigenes进行了进一步的雌雄差异富集基因分析。对55个生殖发育相关基因在中华鲟转录组中进行搜索, 34个基因在该转录组中有富集。相对于二倍体斑马鱼,中华鲟在sox, apolipoprotein 以及cyclin三个基因家族中拥有更多的同源基因。最后,对所得基因序列用MISA软件进行分析,共挖掘得到12,151个SSR标记(simple sequence repeats)。

  该研究得到了国家973计划项目、国家自然科学基金、中国水产科学研究院基本科研业务费等项目的资助,相关研究成果以论文形式“Sequencing and De Novo assembly of the gonadal transcriptome of the endangered Chinese Sturgeon (Acipenser sinensis)”在PLOS ONE杂志在线发表,文章链接为:http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0127332

(来源:生物室 岳华梅)

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