根据长江上游珍稀、特有鱼类及保护区措施补偿项目“水生生态环境监测（2008－2010年度）”工作安排，长江水产研究所项目组于2008-2010年在长江上游珍稀特有鱼类保护区开展了珍稀特有鱼类、重要经济鱼类、鱼类早期资源及渔业环境监测，在相关单位和部门的全力配合下，共计投入人力334人次，圆满地完成了野外监测工作。

　　按照合同规定及水域实际情况，在保护区及相关水域设立珍稀鱼类监测站点10个、特有鱼类监测重点站5个，早期资源监测断面3个，渔业水质监测站点18个。监测中共收集珍稀鱼类189尾，其中达氏鲟27尾，胭脂鱼152尾，未捕捞到白鲟；共采集到特有鱼类41种，11628尾，其中金沙江采集到23种（永善至水富江段18种，攀枝花至巧家江段16种），长江干流采集到20种，赤水河采集到28种；保护区重要经济鱼类主要为圆口铜鱼、瓦氏黄颡鱼、鲤、鲇、蛇鮈、长鳍吻鮈、长吻鮠、长薄鳅等，占保护区渔获总量的60%以上。保护区赤水断面鱼类繁殖规模为5.8×108ind.（2008年）；江津断面鱼类繁殖规模分别为64.9×108ind（2008年）、26.8×108ind（2009年）和32.4×108ind（2010年）；水富断面鱼类繁殖规模为5.84×108 ind，巧家断面鱼类繁殖规模6.86×108 ind（2008年）；宜宾断面鱼类繁殖规模为4.90×108 ind，攀枝花断面鱼类繁殖规模3.41×108 ind（2010年）；监测期间保护区水域水质总体良好，基本能满足鱼类生长和繁殖等需求，超标污染物有总氮、总磷、石油类；保护区监测水域共检出浮游植物8门112属554种，浮游动物119属276种；监测期间保护区水域无重大渔业污染事件发生。项目组通过收集相关数据及资料，整理汇编了各年年度报告及2008-2010年技术报告，取得了预期成果。