2021年12月20日，中国水产科学研究院长江水产研究所牵头编制的《长江流域水生生物完整性指数评价办法》由农业农村部印发试行。该评价办法是国际上第一个针对大河流域的水生生物资源及栖息生境完整性的评价办法，对于国内其他流域乃至世界大河流域生物多样性保护具有一定的示范引领作用。
　　为深入贯彻习近平生态文明思想，落实《长江保护法》关于建立长江流域水生生物完整性指数评价体系的规定，科学评估长江流域水生生物资源及栖息生境状况，客观评价长江禁捕成效，指导开展针对性的生态保护修复工作，农业农村部长江流域渔政监督管理办公室领导，中国长江三峡集团有限公司组织，水科院长江水产研究所牵头，水科院淡水渔业研究中心、水科院东海水产研究所、中国科学院水生生物研究所、水利部中科院水工程生态研究所、中华鲟研究所、上海海洋大学、中国科学院南京地理与湖泊研究所、西南大学共同参与编制了《长江流域水生生物完整性指数评价办法（试行）》。
　　该评价办法包括鱼类状况、重要物种状况、生境状况三个方面的14个必选指标，以及杂食性鱼类等16个参考指标。根据现状调查结果与历史基准值的差异对各指标进行赋分，评价结果分为“优”“良”“一般”“较差”“差”“无鱼”六个等级。经过两次征求国务院有关部委及长江流域19个省级人民政府意见，以及向社会公开征求意见，该评价办法得到了进一步完善。