农业农村部淡水生物多样性保护重点实验室（以下简称“实验室”）原身为“淡水鱼类种质资源与生物技术重点开放实验室”，于1985年7月经国家计委审批筹建，是我国淡水渔业研究领域建立的第一个国家级重点实验室。2008年，根据《关于开展农业部专业性（区域性）重点实验室和农业科学观测实验站申报工作的通知》的精神，以原“农业部淡水生物多样性保护与利用重点开放实验室”为基础，由中国水产科学研究院长江水产研究所独立申报，获批建设了农业部淡水生物多样性保护重点实验室，归属淡水渔业与种质资源利用学科群。2018年，实验室更名为“农业农村部淡水生物多样性保护重点实室”。

　　实验室是一支以中青年科研人员为主的60余人的精干队伍，其中拥有高级职称人员30人，获得博士学位人员40余人，占比超70%。其中国家现代农业产业技术体系岗位科学家5名，农业科研杰出人才1名，另有1名青年科研人员入选“中国水产科学研究院青年拔尖人才”，10名入选中国水产科学研究院百名英才。研究领域涉及濒危鱼类保护、渔业资源、遗传育种、分子生物学、环境工程、鱼类营养与病害防控等。

　　实验室在珍稀和特有鱼类保护和保存、鱼类种质资源、渔业生态环境、渔业生产应用基础理论等方面具有长期的工作积累。尤其在珍稀鱼类中华鲟、白鲟、达氏鲟、胭脂鱼、大鲵等物种的保护技术方面形成了独具特色的系列研究成果。

　　实验室现有办公面积2500余平方米、总值6000余万元仪器设备及可使用面积400余亩的多个试验基地。另，实验室拥有国际联合实验室1个（中捷鱼类保护与生物技术联合实验室）、部级监测中心1个（“农业农村部长江中上游渔业生态环境监测中心”）、省级工程中心1个（“湖北省水产品质量安全工程技术研究中心”）、院级重点实验室1个（“长江流域水生动物繁育与利用重点实验室”）、院级工程技术研究中心1个（“中湖库生态渔业工程技术研究中心”），平台体系布局日趋完善，科研基础设施齐全，为实验室开展淡水渔业科学创新研究提供了强力支撑。

　　实验室坚持贯彻“开放、流动、联合、竞争”的运行机制，广泛开展科技合作和学术交流，同时加强人才培养和学科建设，与美国、日本、捷克、新加坡等30多个国家的科研和教学机构建立了合作关系，为古巴、孟加拉等10多个国家提供了技术援助。