机构设置
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管理部门
办公室 党委办公室 人事处(博士后科研工作站) 科技处(成果转化处) 财务处 条件处
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科研部门
淡水鱼类种质资源与生物技术研究室 渔业资源与环境研究室 水产养殖与遗传育种研究室 鱼类病害研究室 水产营养与饲料研究室 水产品检测与质量安全研究室 水产信息与标准研究室
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挂靠机构
农业农村部淡水生物多样性保护重点实验室 农业农村部淡水鱼类种质检验测试中心 农业农村部长江中上游渔业资源环境科学观测实验站 农业农村部水产品质量安全风险评估实验室(武汉) 中国水产学会《淡水渔业》杂志社 全国水产标准化技术委员会淡水养殖分技委秘书处 农业农村部长江中上游渔业生态环境监测中心 农业农村部中华鲟保育和增殖放流中心 中国水产科学研究院淡水鱼类育种与健康养殖重点实验室 湖北省水产品质量安全工程技术研究中心 国家斑点叉尾鮰加工技术研发分中心(武汉)
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支撑部门
荆州基地 西南渔业研究中心 梁子湖基地 长江中上游渔业生态保护研究中心